Die OSTSEESTIFTUNG wird durch den Vorstand und das Kuratorium geleitet. Beide Gremien sind mit ausgewiesenen Fachleuten aus Naturschutz und Verwaltung besetzt. Die Arbeit in den Gremien der Stiftung ist ehrenamtlich.

Die operative Steuerung der OSTSEESTIFTUNG wird durch den Vorstand wahrgenommen:

•  Herr Jochen Lamp, Vorsitzender,
    (WWF Deutschland, Leiter des Ostseebüros)
•  Frau Corinna Cwielag,
    (BUND M-V e. V., Landesgeschäftsführerin)
•  Herr Dr. Jürgen Buchwald,
    (Ministerium für Landwirtschaft, Umwelt und Verbraucherschutz M-V, Staatssekretär)

Das Kuratorium berät und kontrolliert den Vorstand, wirkt bei wichtigen Entscheidungen mit und gibt strategische Empfehlungen:

•  Herr Dr. Dirk von Ameln, Präsident,
    (Nord Stream AG, Permitting Director)
•  Herr Prof. Dr. Mathias Grünwald, Vizepräsident,
    (BUND M-V e. V., Landesvorsitzender)
•  Herr Stefan Schwill,
    (NABU M-V e. V., Landesvorsitzender)
•  Herr Christoph Heirich,
    (WWF Deutschland, Geschäftsleitung)
•  Herr Christian Pegel,
    (Ministerium für Energie, Infrastruktur und Landesentwicklung M-V, Minister)